Establecido en 1963 para realizar investigación científica básica y aplicada en temas marinos y costeros, orientado a apoyar el proceso de toma de decisiones y diseño de políticas.
Su misión es realizar investigación básica y aplicada de los recursos naturales renovables y del medio ambiente en los litorales y ecosistemas marinos y oceánicos de interés nacional con el fin de proporcionar el conocimiento científico necesario para la formulación de políticas, la toma de decisiones y la elaboración de planes y proyectos que conduzcan al desarrollo de estas, dirigidos al manejo sostenible de los recursos, a la recuperación del medio ambiente marino y costero y al mejoramiento de la calidad de vida de los colombianos, mediante el empleo racional de la capacidad científica del Instituto y su articulación con otras entidades públicas y privadas.
Las áreas de investigación del INVEMAR son:
Biodiversidad y ecosistemas marinos
Calidad ambiental marina
Geociencias marinas
Valoración y aprovechamiento de recursos marinos
Investigación e información para la gestión marina y costera